Ci sono delle ottime pubblicazioni. Capisco anche il tuo sentirti spaesato (da 4 anni a questa parte hanno introdotto un fottio di cose, dai generics alle assertions fin'anche nella 6 l'integrazione nativa con elementi del desktop -trybar e simili-). Se cerchi qualcosa relativo al server-side (Servlet, JSP e famiglia) prova a dare un'occhiata qui

http://www.coreservlets.com/