Ciao, per quanto riguarda il primo problema mi sembra davvero strano!
io uso quelle due funzioni su tutti i campi e nn mi danno alcun problema...
Prova a postarmi il codice php che usi per salvare i dati nel db (e magari anche quello del form va la')

Per la secondo domanda... beh a rigor di logica è la stessa cosa, nel senso che puoi
convertire gli "a capo" sia prima che dopo l'inserimento nel database,
Il problema è che se li converti prima, nel caso in cui tu voglia per esempio creare un form per la modifica e carichi il testo nelle textarea, non avrai gli "a capo" ma verranno visualizzati i tag
.
Ti consiglio quindi di salvare il testo nel database senza sostituire gli "a capo", ed usare la funzione che ti ho postato prima della visualizzazione a schermo.