Ti dico, per esperienza personale, che potresti avere solo problemi con la dimensione ed il posizionamento dei controlli sulla form. Infatti, con il NET 1.1, le proprietà Anchor e Dock non venivano rispettate. Mentre, la stessa applicazione, con la stessa risoluzione, funzionava perfettamente su un'altra macchina con XP.
Ora non so se è un problema di Win98, del Framework 1.1, scheda video, e chi più ne ha più ne metta(perché no, molto probabile che sia stata mia incapacità).