Hai ragione, facendo come ho detto io non ti cancella le righe 3 e 4.
Devi eliminarle a mano con la forma no del comando, ad es. nel caso citato devi scrivere:
no ip nat static 3 paperino
no ip nat static 4 topolino

Diverso sarebbe il discorso se tu avessi un TFTP server attivo (peraltro scaricabile dal sito della Cisco previa registrazione). In quel caso potresti caricare direttamente la running salvata con copy tftp:/config_salvata running

Attenzione a non spegnere il router prima di aver risistemato la configurazione, altrimenti quella che adesso è la startup diventerà con il riavvio la running e rimarrà ancora memorizzata come startup.