Sulla base della tua risposta ho effettuato una ricerca pià mirata e ho trovato un articolo che spiega che probabilmente è un bug di flash il fatto che non si riesca a passare da AS ad una scena diversa se si è dentro un moviclip e che sfuttando invece il nome frame si riesce ad aggirare questo ostacolo. In pratica non ho fatto altro che mettere nel primo frame della scena due il nome al frame (per esempio scena_due) quindi dalla prima scena ho fatto un gotoAndPlay("seconda_scena") richiamando semplicemente il nome del frame.