se non ricordo male, quando il php gira in CGI, le risorse richieste al server e la velocità si riducono sensibilmente sull'esecuzione degli script, in ogni caso bisognerebbe fare dei test per verificare se possa essere la velocità e non qualche impostazione di protezione di php attivata nel server che blocca gli script
io prima di ogni cosa farei una telefonata di segnalazione ai gestori del server per capire se si possa fare qualcosa sulle loro impo

sinceramente non mi viene in mente nulla per ovviare al problema salvo il fatto di verificare con attenzione il codice per evitare che qualche evento che dovrebbe essere "asincrono" venga eseguito prima del tempo