ciao,

senti quali campi usi, sia della prima tabella sia della seconda, usi nel where e nella inner join? Potresti postare la struttura delle tabelle (se puoi )?

Considera che una grossissima mazzata è data dalla mancanza di indici e mysql è quindi lento da far paura a fare la join

Alternativamente perché non fai una view?

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/create-view.html

Puoi usarle però solo se hai mysql 5, in questo modo ogni volta che fai un'operazione sulle tabelle mysql ti aggiorna la view. E' ovviamente importantissimo che le tabelle siano strutturate correttamente, ergo devono starci gli indici assolutamente

Se poi i tempi non si riducono consistentemente anche con gli indici allora ti consiglio anch'io di passare ad una seconda tabella