dal codice sorgente della pagina vedo che hai messo l'header quasi alla fine mentre nel flusso del documento dovrebbe trovarsi in cima. Così facendo hai dovuto posizionare l'header con position: fixed che non è supportato da IE6

Inoltre dovresti evitare di mischiare tabelle per impaginare la grafica insieme ai blocchi div generici...

prova quindi a ristrutturare la pagina
1) con un doctype xhtml 1.0 strict
2) iniziando a definire i blocchi di contenuto nell'ordine logico
3) evitando di usare tabelle