Optare per la separazione del codice è sempre la soluzione migliore. Facilita l'organizzazione dei documenti e l'aggiornamento delle pagine. Il modello che dovresti seguire per ogni pagina è il seguente:

pagina.htm (o .asp, php, a seconda del linguaggio che usi)
pagina.css (ovviamente avrai un css solo per tutti gli stili comuni, e quelli specifici per pagina dove serve)
modulijavascript.js (file JS esterni, solo dove servono, e con codice non intrusivo. Le pagine devono funzionare al 100% anche con JS disabilitato)

Ciao