Se crei un'applicazione WIN32 non hai bisogno del .NET Framework... Sei sicuro di aver creato la tipologia corretta di progetto? Quale errore viene mostrato in fase di esecuzione? Prova a postare il sorgente e l'eseguibile in uno spazio Web, in tal modo sarà possibile verificare se hai creato un'applicazione WinForm o un programma basato sulla Windows API.