Questo programma dovrebbe fare al caso tuo. All'inizio è un po' ostico da capire, ma io lo trovo comodissimo confronto a tutti quelli che ho provato (eh sì...mi sono incaponito su sta cosa e ne avrò provati una decina... XD )

Scarica questo programma: http://www.softstack.com/download/hff.zip
Una volta installato, apri il programma e imposta la password principale e quella di riserva (è importante impostare tutt'e due!). A questo punto non dovrai fare altro che andare sulla cartella che vuoi proteggere, cliccare col destro e selezionare "Protect by"-->"passord with context menu". in alternativa puoi usare degli hotkeys impostabili da te: selezioni il file premi CTRL+MAIUSC+L (per aggiungere una password) o CTRL+MAIUSC+U (per accedere alla cartella).

Una volta sbloccata la cartella va ribloccata manualmente (clicchi col destro e selezioni "lock" o al solito cn la hotkey)

Insomma, secondo me è un programma comodissimo.
L'unico difetto che ha è che non è freeware...