1. Il tempo massimo di esecuzione non può essere modificato con ini_set se il safe mode è impostato su ON

http://ch2.php.net/manual/it/info.co...execution-time

Comunque non dovrebbe essere un problema di tempo. Ci vuole tanto a zippare quando ci sono tanti file e cartelle con un'arborescenza molto profonda. Pochi file, anche se sono molto grandi, dovrebbero impiegare poco tempo.

2. Guarda il log-error del webserver per vedere quale è il problema. in questi casi può anche essere un problema di memoria.