Alla fine sono riuscito a risolvere il problema, ed ecco la soluzione, premetto che utilizzo jboss 4.0.5 e il cicseci 5.0:
-nella cartella di jboss "jboss-4.0.5.GA\server\nome configurazione" ho messo il cicseci.rar ed il cicseci-ds.xml (per jboss 3.X mi sembra si debba chiamare *-service.xml) così fatto
codice:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
   	<connection-factories>
	  <tx-connection-factory>
	    <jndi-name>eis/CONN</jndi-name>
		<rar-name>cicseci.rar</rar-name>
		<connection-definition>javax.resource.cci.ConnectionFactory</connection-definition> 
	    <config-property name="ConnectionURL" type="java.lang.String">indirizzo</config-property>
	    <config-property name="PortNumber" type="java.lang.String">numero porta</config-property>
	    <config-property name="UserName" type="java.lang.String">UTENTE</config-property>
		<config-property name="Password" type="java.lang.String">PASSWORD</config-property>
	    <max-pool-size>50</max-pool-size>
	  </tx-connection-factory>
	</connection-factories>
in giro per interneto ho visto che non tutti utilizzavano javax.resource.cci.ConnectionFactory come parametro, ma a me funziona
Si possono mettre più voci nell'xml e queste sono definite nel ra.xml che si trova nel rar (cartella META-INF).

Quando Jboss cerca il nome jndi lo cerca come "java:" + il nome indicato.

Ciao