Se vuoi farla facile, puoi utilizzare un component flash lato client che dopo l'upload provvede a caricare l'flv ed inviare al PHP i meta dati che ti servono (es. la durata).

Se vuoi farla difficile, devi implementare un parser del file FLV per estrarre il pacchetto dei metadati e decodificarlo. Puoi trovare delle informazioni utili al seguente indirizzo:

http://osflash.org/flv