che phesso che sono.

Ho risolto mettendo un altro .htaccess dentro la cartella /js che contiene gli script, scrivendo semplicemente "RewriteEngine off", ed ora va...

chiaro che essendo un linguaggio lato client sicuramente interpreta gli url differentemente da come lo interpreta il php.
Ho pensato a questo, dunque pare di aver risolto.

Grazie cmq