Salve a tutti,
come da oggetto ho un problemino con il mod_rewrite e le path

Ho abilitato il mod_rewrite nell'htaccess, facendo in modo che una query di questo tipo www.sito.com/pippo/pluto/ equivalga a www.sito.com?a=pippo&b=pluto

per quanto riguarda il php pare che vada tutto bene, le variabili vengono lette correttamente, ma il problema è che non mi funzionano più gli include dei javascript o addirittura del css.

qualcuno sa come ci si deve comportare in questo caso? perchè, pensando che fosse un problema di percorsi, ho provato anche a mettere ../ davanti alla destinazione del file, ma niente, non va.

tipo, invece di:
<script src="js/script.js></script>

ho provato a fare:
<script src="../../js/script.js></script>

come cavolo posso fare?
non mi vengono più idee