Ciao,

Una doppia installazione si usa a volte per sistemare problemi di avvio, come hai fatto tu, ma da quanto proponi sul bootloader esistente non riesco a capire se hai una solo a partizione o due.

multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2).......
Questo indicherebbe che le copie di windows sono sulla partizione 2 e non sulla 1, quindi modificando il bootloader come hai intenzione di fare tu, non dovrebbe funzionare.

Di solito la doppia installazione non pregiudica il funzionamento di windows.

Comunque se tu volessi eliminare la seconda installazione, dovresti cancellare la nuova cartella windows e i file del profilo, dalla prima installazione, poi per sistemare il bootloader, fai un avvio dal disco di xp, vai in console ed usa:
fixmbr
fixboot
riavvia, in questo modo avresti il bootloader originario di windows.

Ciao