L'interfaccia di cui parli è una interfaccia grafica fatta con swing, awt, e compagnia bella?

Perché in tal caso dubito che se ne possa recuperare qualcosa.
Quello che puoi recuperare sono gli algoritmi di elaborazione, cioè tutte le classi senza contenuto grafico.

In pratica l'utente apre quella cosa che somiglia a una pagina html e che noi conosciamo come jsp. Da quella schiaccia qualche bottoncino colorato e parte la richiesta che arriva a un servlet opportunamente predisposto. Il servlet, che è una classe java classica, può fare accesso a qualunque altra classe java, quindi anche alle tue classi. Il fatto è che l'esito dell'elaborazione non può che essere visualizzato tramite un'altra jsp: la servlet raccoglie tutti i dati disponibili e li invia alla jsp di risposta nella quale l'utente vede i risultati della sua richiesta.
Spero di essere stato abbastanza chiaro. Ciao!