forse non ci siamo capiti ...

l'unico SOLO responsabile del BOM è l'editor che ti ha creato e salvato il file, e basta, di certo il client FTP non ti modifica il contenuto del file per cambiare la codifica dato che a lui non ne frega nulla

riguardo all'ASCII/BINARIO, anche se possibile, è una cosa al quanto remota perché oggi giorno i client ftp trasmettono quasi sempre in binario, proprio per evitare rischi e problemi, e quelli che non lo fanno verificano il tipo di file (semplicemente verificano la presenza di file con un codice ascii superiore al 126, ergo dal 127 in sù) per decidere se uppare in binario o in ascii