Cosi' a pelle una partizione di boot condivisa non mi sembra una buona idea. A parte che la procedura di installazione credo forzi la formattazione delle partizioni non home (fedora almeno mi pare faccia cosi'), i due sistemi potrebbero usare nomi uguali per file utilizzati diversamente.
Secondo me la partizione di boot condivisa te la dovresti creare a mano, e a quel punto rinunciare agli aggiornamenti del kernel via gestore pacchetti.
Alternativamente crei una partizione di boot gestita esclusivamente da uno dei due sistemi; il secondo lo installi senza partizione separata e copi i files necessari per il boot nella partizione separata. Una modifichina a mano al file di configurazione del bootloader del primo sistema e dovresti essere a posto...