Io ho fatto questa prova ed ha funzionato.

Apri uno dei programmi da inserire nel file .bat, direttamente dall'eseguibile, es. winword.exe, clicca sul pulsantino ridimensiona (accanto alla X per chiudere) e sistema la finestra secondo le tue esigenze. Poi chiudi il programma e riaprilo: a me si apre con la finestra come l'avevo lasciata...
Se funziona, fai lo stesso con gli altri programmi.

Insomma, una configurazione la puoi salvare, due non credo, per l'univocità della posizione di un dato programma.