Ciao,
sai mi sembra molto simile ad un problema che ho già affrontato anche io.
Innanzitutto se scrivi il parametro "manualmente" nel file html assicurati che vada sia nel tag <param name=.......> ma anche tra le parentesi del AC_FL_RunContent, e anche nel tag <embed ... >; io per tagliare la testa al toro ho cancellato tutto il codice dell'incorporazione del filmato flash, eliminato il file JS relativo agli scripts per l'embed, e rifatto tutto daccapo, dopo aver importato l'swf basta cliccare su "parametri" nella finestra ispezione proprietà in dreamweaver e inserirgli la flashVar (come ad esempio si scrive "wmode" "transparent" tu scrivi "nomevariabile" "valore").
Dopo aver fatto questa bella pulizia tutto a me è funzionato a dovere, spero sia lo stesso per te!

Ciao