Eppure ho l'impressione che il problema non stia in phpmyadmin.

Faccio un altro esempio di problema simile che mi capita con lo stesso DB.

Premetto che il database in questione contiene le tabelle relative ad un forum (Invision Power Board). Esiste uno script php che permette di convertire le tabelle del forum in un altro forum. Ovviamente lo script viene uppato sul server ed eseguito da lì.

Ebbene, le nuove tabelle che ottengo hanno lo stesso problema: tutti i caratteri accentati del nuovo forum presentano caratteri strani. In questo caso non si è passati attraverso il dump ma le nuove tabelle sono state generate direttamente dalle vecchie tabelle nelle quali i caratteri speciali si vedono correttamente.