mi ripeto: e' un problema dato dal charset utilizzato dal client MySQL installato sul php.

tipicamente: server mysql utf8 -> client mysql latin1 -> server mysql utf8

prova a settare il charset della connessione prima di eseguire il dump.

codice:
mysql_connect(...);
mysql_select_db(...);

mysql_query('set names utf8');

oppure

mysql_query('set names latin1');
dipende dalle impostazioni del tuo hoster. o una o l'altra dovrebbero funzionare.

Oppure e' un problema causato dalla versione di phpmyadmin. Quale versione stai usando?