Grazie per la risposta, In verità ti dico che il tuo suggerimento l'ho già provato con successo e cioè ho fattto un progetto per la mia applet è funziona con eclipse poi ho fatto il jar e nella dinamic web application ho importato la mia applet.jar dalla mia JSP ho chiamato l'applet e tutto ha funzionato a dovere. Il problema nasce perchè volendo mettere la logica di connessione al DB dell'applet su server in particolare su servlet non so come fare debug in quanto l'applet dovrebbe fare una request HTTP al web-server (glass-fish) e attendere i risultati della response dal server, e mostrare i risultati.