Non c'è nessuna controindicazione nell'utilizzo di Prototype ed Swfobject nella stessa pagina, te lo dico anche perchè io stesso li ho usati insieme senza problemi: magari può creare qualche conflitto il modo in cui li utilizzi tu nei tuoi script, ergo se magari posti un link con la pagina di prova forse possiamo aiutarti a saperne qualche cosa di più.