comportamento strano come dici tu: in IE6 su win Xp sp2 a me sembra andare, su IE7 vista crash del browser all'apertura...
Innanzitutto utilizzi la versione 1.5 di swfobject, siamo alla versione 2.1, upgrade consigliato anzi quasi obbligatorio.
Se il problema persiste devi fare delle prove ad esclusione per individuare la causa, prima prova ad includere solo un swf alla volta, poi a ricontrollare anche il tuo codice javascript che io non ho esaminato a fondo: in tal proposito però noto che ad esempio richiami intrusivamente nel body una funzione onload, un metodo pessimo quando poi hai a disposizione gli strumenti di Prototype (event.observe e document.observe).
ps
bella figata l'History di PrototypeXtensions vero? ci ho fatto 4 lavori di fila...grazie sig. Martins