Tutto ciò che hai chiesto è posibile, per cominciare ti scrivo un esempio che ti dimostra sia il caricamento in automatico appartire dai valori contenuti in un array, che dai link. I valori dei link li ho pressi dallo stesso arrai.

<?php
$array[0] = "http://www.gogle.it" ;
$array[1] = "http://www.yahoo.it" ;
$array[2] = "http://www.ebay.it" ;
$iniSrc = $array[rand(0,2)] ;
?>

'">link

'">link

'">link

<iframe id="myIframe" src="<?php echo $iniSrc ?>" style="border:0px; width:100%; height:100%;"></iframe>
Siccome puoi vedere, lo script è così tanto semplice da poterlo mettere nella stessa pagina nella quale vuoi caricare questo eframe. Ovviamente i link e l'eframe vanno dentro il body, ma lo script lo puoi mettere dove vuoi, pure prima di tutto l'html, questo, insieme a la domanda che hai fatto "lo script deve essere criptato" hanno la stessa risposta. Il codice PHP si esegue soltanto nel server che ritorna all'utente un codice 100% HTML, l'utente non ha ne la più palida idea di come è capitato niente, devi dare un'occhiata ai concetti basici dei linguaggi dinamici.
Quando gli spider entrano nel tuo sito vedono essattaente la stesa identica cosa che vede l'utente, cioè quello che il server ritorna come HTML, ripeto, il codice PHP solo vine "visto" ed esseguito dal server, dopo di che il risultato è un puro HTML.
"E' possibile impostarlo in modo che si disabiliti in quel caso?" devi dare un'occhiata alla variabile $_SERVER del PHP attraverso la quale puoi ottenere informazioni sul browser che stà visitando il sito, non mi sono mai posto il problema ma penso che la soluzioni anda da quelle parti :-)

"è possibile anke segnalare allo script 3 o 4 indirizzi IP con i quali non deve funzionare?"
siccome puoi vedere lo scriptino che ho fatto funzina appartide da un array, anzi è soltanto quello, se non ci metti nell'array indirizzi che non vuoi, allora lui non li mette, in ogni caso se tu farai ona cosa diversa da quella comunque si, è posibile, è sempre posibile.

Be, se non ho chiarito tutti i tuoi dubbi al meno ci ho provato :-)