Mi dispiace dirlo, ma IE non sa nemmeno cosa siano thead, tbody e tfoot. Questi elementi furono creati per raggruppare sezioni di una stessa tabella e permetterne lo scrolling indipendentemente dalle altre (tipo: thead e celle al suo interno fisse e tbody con scrollbar, in modo da simulare le intestazioni fisse e il contenuto scorrevole). Anche Gecko ha dei problemi nell'interpretazione di alcune proprietà per quegli elementi, ma come sempre, IE è il più all'avanguardia in queste cose!

Quindi la soluzione di salasir è l'unica possibile. Il "trucco", anche se appesantisce parecchio il codice, è giocare con delle classi CSS per le celle. In altre parole, alle varie td bisogna assegnare classi CSS che applicano un bordo su uno o più lati, in modo che alla fine il bordo sembri racchiudere tutte le celle interessate, come se fosse applicato al tbody.

Ma quand'è che IE sparirà dal mondo...?