codice:
Mysql: 5.0.51a 
PATH: C:\Programmi\MySQL\MySQL Server 5.1\bin  ???
mi pare ci sia incongruenza tra le affermazioni delle due righe.

Comunque rimarrei sulla versione ultima di mysql 5.0 mi pare sia la 5.0.77
Sara' che le prime versioni hanno sempre problemi, ti eviterai di fare tanti cambi release. Specie le versioni del php.

Se vuoi provare mysql 5.1 puoi sempre scompattare la versione non installata ed utilizzare SQLyog oppure mysql query browser che non necessitano del php.