In casi come questi... la sezione più adatta sarebbe javascript, sperando che l'uso del plugin validate sia abbastanza diffuso (io non l'ho mai usato).

Credo comunque che dovresti spiegare cosa fa la la "pagina" studenti.php?action=verifica_email, sei sicura che la chiamata funzioni correttamente?

E comunque l'ultimo messaggio non è il massimo della chiarezza... Mi par di capire che premendo salva, nella pagina di modifica dell'email, senza cambiare i dati di default, i dati vengono comunque salvati e il controllo non scatta, mentre dovrebbe comparire un messaggio di errore che impedisca il salvataggio.
Sarebbe bello se avessi firebug attivato su Firefox, così da poter capire se la richiesta alla pagina di verifica parte e si conclude correttamente.
Se cambi i valori della pagina e poi salvi, i messaggi di errore funzionano?

Appurato che l'errore non sia nel codice php, ti consiglierei di postare il codice html generato dalle tue pagine php e di continuare i test con queste pagine statiche fino a che non risolvi il problema. Se il codice è disponibile a tutti, anche per gli altri forumisti diventa più facile testare..