Magari può servire a qualcuno...

L'init di prettyPhoto (credo si chiami init, rimango un principiante )
va inserito nel javascript che gestisce la restituzione del pacchetto ajax:

codice:
(...)
document.getElementById(js_pagination_contents_div).innerHTML=xmlHttp.responseText
// INIT PRETTYPHOTO
   $(document).ready(function(){
   $(".gallery a[rel^='prettyPhoto']").prettyPhoto({theme:'dark_rounded'});
});
// fine INIT PRETTYPHOTO
(...)
Invece il link allo script di prettyPhoto e alla lib jQuery può andare tranquillamente
nella head della pagina che effettua la chiamata ajax.

Ci sono arrivato leggendo un post relativo ad un altro clone di lightbox,
quindi credo che funzioni anche in altre situazioni.