Io onestamente non capisco la domanda. Hai detto tu stesso che il QS non depende dal CTR e, aggiungo io, in realtà forse il CTR è uno dei parametri che conta meno.

Non c'è nulla di strano, quindi, nel fenomeno che illustri. Potrebbe essere strano, ma bisognerebbe vedere tutta la campagna, per dirlo, bisognerebbe vedere gli annunci, le url di destinazione e, soprattutto, l'andamento della campagna.

A volte, inoltre, Google usa anche considerazioni non dichiarate. Mi sono trovato varie volte ad avere QS diversi su chiavi talmente simili da essere perfettamente identificabili, pur a parità di tutti gli altri valori. Per assurdo, il QS potrebbe dipendere da un giudizio dato da una figura umana (un Quality Rater) che è intervenuto.