Dico la mia, non conosco upload di baol ma in molti upload puoi rilevare le dimensioni delle immagini una vota fatto questo potresti inserirle in due cartelle diverse, oppure stabilisci una dimensione fissa e nel momento dell'upload verifichi se non è corretto rifiuti upload, altro tentativo fai uploadare tutte le immagini e le modifichi con asp.net in percentuale per mantenere le proporzioni.