MI rispondo da solo, spero che possa essere utile a qualcuno:

Per via sperimentale ho notato che se come parametro di include si usa il nome di un file nella stessa cartella o in una sottocartella va tutto come previsto.
Se invece si usano link simbolici (./, ../, ...) viene utilizzato il path del primo file che comincia le inclusioni!!

Questa cosa non l'ho trovata documentata, infatti si legge in php.net

If a path is defined (full or relative), the include_path will be ignored altogether. For example, if a filename begins with ../, the parser will look in the parent directory to find the requested file.

E nient'altro.
Boh.

Se qualcuno scopre che non sto tenendo conto di qualcosa ditemi perfavore.
Grazie mille ancora