Le "finestre" modali non sono delle vere e proprie finestre come le popup ma un "simulazione" sviluppata in javascript che si apre dentro il documento principale (la pagina), pertanto se ricarichi (F5) ricarichi la pagina che chiude la popup modale, soluzione usare le popup "tradizionali" con window.open, visto che non puoi bloccare il tasto f5.
