Non ho avuto molto tempo da dedicare alla scoperta delle cause di questo problema ma ho comunque scoperto per caso che riguarda solo il top ed il bottom, mentre sia left che right sono visualizzati correttamente.
Il DTD è XHTML 1.0 Transitional e mentre non ci sono altri elementi di margini o spaziature o meglio sia dove ci sono che dove non ci sono margin o padding il problema è lo stesso e adesso ho scoperto, come ho detto precedentemente, che riguarda solo il top ed il bottom.
Continuerò ad effettuare questa specie di debugging ad esclusione, perchè non so cos'altro si potrebbe fare per scprire la causa se non andando a rivedere completamente TUTTI i fogli di stile...