Ci sei andato quasi vicino.
Devi fare una query normale, senza cicli o cose strane, che ti estrae quello che ti arriva, per esempio, da un form.
POI conti i record ed è lì che fai l'estrazione con la stessa query ma, questa volta, estraendo i valori invece che il numero completo.
In teoria potresti fregartene e fare un ciclo while, senza stare a contare le righe.
Tanto le devi estrarre tutte senza distinzione!
Codice PHP:
$querystr "SELECT * FROM cliente WHERE settore = \"$keysSettore[$x]\" OR settore LIKE \"%$keysSettore[$x]%\"";
$query=mysql_query($querystr); 
while (
$frow mysql_fetch_array($query)){
            echo 
"" $frow["settore"] . " - ".$frow["organismo"]."
$frow["norma"] . " - " $frow["certificato"] . 
 " 
$frow["dal"] . " - " $frow["al"] . 
 " 
$frow["azienda"] . " - " $frow["campo_appl_cert"] . 
 "
$frow["stato"] . " - "$frow["regione"] . " - " $frow["provincia"] . " - " $frow["citta"] . 
<hr> "

        } 

Ti filtra i risultati già dalla query. Non hai bisogno di altro. Quello che non è true nelle condizioni della query non viene proprio estratto.