Dicevo le OR e AND nelle if, mentre nelle query devi mettere AND e OR.

Codice PHP:
if ((!empty($_POST['settore'])) || (!empty($_POST['organismo'])) || (!empty($_POST['norma'])) || (!empty($_POST['certificato'])) || (!empty($_POST['dal'])) || (!empty($_POST['al'])) || (!empty($_POST['azienda'])) || (!empty($_POST['campo_appl_cert'])) || (!empty($_POST['stato'])) || (!empty($_POST['regione'])) || (!empty($_POST['provincia'])) || (!empty($_POST['citta']))  ) { 
    for(
$x=1;$x>$num_righe;$x++){ 
    
$querystr "SELECT * FROM cliente WHERE intID!=1 && settore = \"$keysSettore[$x]\" OR settore LIKE \"%$keysSettore[$x]%\" OR organismo = \"$keysOrganismo[$x]\" OR organismo LIKE \"%$keysOrganismo[$x]%\""
    
$result mysql_query($querystr) or die ("Errore query filtrata!"); 
    if (
$result)) { 
            
$found=true
            do { 
            echo 
"" $frow["settore"] . " - ".$frow["organismo"]."
$frow["norma"] . " - " $frow["certificato"] . 
 " 
$frow["dal"] . " - " $frow["al"] . 
 " 
$frow["azienda"] . " - " $frow["campo_appl_cert"] . 
 "
$frow["stato"] . " - "$frow["regione"] . " - " $frow["provincia"] . " - " $frow["citta"] . 
<hr> "

            } while (
$frow mysql_fetch_array($result)); 
        } 
    } 

Ho corretto un pò qua e la.
Provalo. Sperando sia giusto...
Ho cambiato gli OR con ||, aggiustato un AND nella query e la seconda if l'ho fatta verificare con la query, non con l'array.