sarebbe meglio compilarlo sul server.
In ogni caso dovresti compilarlo sullo stesso s. o.(non necessariamente red hat) e la stessa architettura (64 bit se è 64 bit).
Se il tuo programma utilizza però librerie esterne queste potrebbero non essere installate nel server oppure essere di una release differente. Per esempio se usi mysql, gd e così via la libreria corrispondente dovrebbe essere esattamente la stessa.
spero di esserti stato utile
ciao
sergio