Beh considerando che php viene eseguito sul server mentre javascript sul client non devi fare altro che invocare o meno la funzione javascritp.

alla fine della pagina scrivi
codice:
<php

if(_condizione_)
{
   echo '<script type="text/javascript">

              nome_funzione_javascripit();
           </script>
          ';
}

?>
Cosi la funzione verrà chiamata.

Se usi jquery puoi metterla dentro la funzione
codice:
 $(document).ready(function() {
      <php

if(_condizione_)
{
   echo '<script type="text/javascript">

              nome_funzione_javascripit();
           </script>
          ';
}

?>
});