Beh considerando che php viene eseguito sul server mentre javascript sul client non devi fare altro che invocare o meno la funzione javascritp.
alla fine della pagina scrivi
	codice:
	<php
if(_condizione_)
{
   echo '<script type="text/javascript">
              nome_funzione_javascripit();
           </script>
          ';
}
?>
 
Cosi la funzione verrà chiamata. 
Se usi jquery puoi metterla dentro la funzione
	codice:
	 $(document).ready(function() {
      <php
if(_condizione_)
{
   echo '<script type="text/javascript">
              nome_funzione_javascripit();
           </script>
          ';
}
?>
});