allora prima di tutto "Criptare un file" non è una descrizione esatta....se hai bisogno di criptare un'immagine per esempio, devi serializzarla con php con la funzione serialize() (ovvero restituisci il contenuto del file in una stringa) e poi devi criptare la stringa....puoi usare blowfish o qualsiasi altro algoritmo di criptazione (io ti consiglio AES 128 Bit se all'interno ci sono dei dati sensibili)

Non usare però ne md5 ne sha1 per criptare, in quanto questi 2 algoritmi restituiscono il Digest (impronta) di una stringa (cioe non la stringa completa), e quindi poi non avresti la possibilita di risalire alla stringa originale