Non mi sembra tanto un problema di javascript... e io non conosco il PHP aazardo ma poi sposto
codice:
<script type='text/javascript'>
	function CuteWebUI_AjaxUploader_OnTaskComplete(task)
	{
		var div=document.createElement("DIV");
		var link=document.createElement("A");
		link.setAttribute("href","savefiles/myprefix_<?php echo task.FileName; ?>");
		link.innerHTML="You have uploaded file : savefiles/myprefix_<?php echo task.FileName; ?>";
		<?php
		$percorso = "savefiles/myprefix_".task.FileName;
		$a= mysql_query("UPDATE album SET foto=\"$percorso\" WHERE ID='1' ")
		?>
		link.target="_blank";
		div.appendChild(link);
		document.body.appendChild(div);
	}
	</script>
Edit: aspetta, ho letto male ma comunque il tuo script e' tutto sballato... inserisci delle istruzioni php dentro un javascript senza tener conto che il php viene eseguito tutto prima che la pagina venga inviata al client... le istruzioni php non esisteranno piu' e inoltre la variabile javascript non esiste ancora...