il window.onload equivale al <body onload="">
in teoria potresti scrivere nello script stesso
window.onload=function(){blinker('ff0000', 'ffff00', 100)}
ma cosi' questo onload sovrascrive eventuali precedenti onload e viene sovrascritto da eventuali successivi
quindi, invece che settarlo brutalmente con questa sintassi, lo setti sfruttando una delle infinite varianti che trovi in giro cercando con chiave "addEvent"

questo


prova file <span class="blink">LAMPEGGIANTE</span> funzionante!</p>
invece e' xhtml che
o si trova gia' nella pagina
o lo inietti via innerHTML in un elemento che sai esistere nel documento
o lo crei e appendi al documento con i metodi del DOM

ciao