in eccesso significa che a causa di modifiche o cancellazioni la tabella non e' compatta e quindi occupa piu' spazio del necessario. Si recupera con:

optimize table nome_tabella

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...ize-table.html


Per il punto 2 dipende da cosa fai per farlo aumentare. Verifica quali tabelle si incrementano e se e' corretto che lo facciano.