Non vedo perche` non possa definire misure (o margini) diverse per i vari livelli del menu.
Si tratta di settare correttamente i selettori del CSS.

Se non riesci a trovare il punto nel tuo menu, puoi vedere come hanno risolto nei menu pronti: prova a fare un giro tra i "link utili" (a me piace come sono presentati i menu di CSSplay).