Negli include posso passare questa tipologia di url?
se intendi include("index.php?pas1=1&pas2=2"); Non credo (anche se a dire il vero non ho mai provato a farlo)
E quando ho dei form, gli action devono rimandarmi alla pagina in cui ho la richiesta o in index.php?
Bè questo dipende da te!

Comunque non ho ben capito cosa vuoi fare.
se ti serve la documentazione sull'include eccola