il problema è che le tabelle le inserisci a step e quindi quella che sarebbe una FK inizialmente te la mappa come proprietà scalare e quando poi aggiungi la tabella con la relazione EF ti lancia l'errore.
Prova ad inserire nel designer le tre tabelle tutte insieme oppure prima ti importare tblSkills elimina (nel designer) da tblcontract il campo ContractSkillID