Purtroppo non ho e non conosco il programma che hai usato per fare la scritta, comunque devi tener presente che quando da flash pubblichi con finestra trasparente quello che rendi trasparente è lo stage di flash, quindi se ad esempio c'è una scritta fatta direttamente in flash o anche importata da photoshop come file psd senza sfondo o da illustrator come tracciato questa si vedrà effettivamente senza sfondo, ora sulla procedura che hai usato ho dei dubbi, non credo che un video flv si possa fare senza sfondo, quindi anche se pubblichi con finestra trasparente quello che vedrai non sarà lo stage di flash ma lo sfondo del video.